2021年5月，本土疫情爆發，亞東醫院為新北市唯一的醫學中心，身處疫情風暴中心，本院迅速啟動大量高危險傳染病收治作業，規劃加護病房動線，盤點備援床位與支援人力，並進行儀器設備調度，在人員協作方面，召集共175位的醫師、護理師及呼吸治療師，充實專責區抗疫陣容。 

除照顧院內確診病人，亞東醫院也於5月24-27日新北市疫情最嚴峻的時候，在80小時內快速開設299間檢疫所隔離病房，承接新北市最大的兩家集中檢疫所（板橋和三重），前後共照顧842人；至6月中旬，亞東醫院包含兩家集中檢疫所共收治1,014名確診個案，約佔新北市確診個案的五分之一、全台的十分之一。截至6月8日為止，亞東醫院共收治全台11% COVID-19重症病患，成為全台收治重症病患最多的醫院，2021年收治的確診個案數則佔全台個案的7%，不但得到社會各界與政府的高度肯定，亦充分展現亞東醫院在台灣醫療體系的關鍵角色。