COVID-19疫情導致全球海陸運輸斷鏈危機從2020年延燒至今，缺工、缺車引發塞港、缺櫃問題，導致運價大漲及運送時間拉長等不穩定性。遠東新世紀重視每一筆客戶訂單，最短時間內發展多種因應方案，以多式聯運模式，自疫情爆發以來，所有貨品均順利送達客戶指定地點。

過去本公司貨物以貨櫃船載運出口至世界各地，然而在一櫃難求的嚴峻情況下，發展用散裝船與冷藏櫃裝貨出口的替代方案。第一艘散裝船於2021年9月13日出口，載貨7,800公噸，第二艘散裝船於2022年2月15日出口，載貨20,000公噸；散裝船與冷藏櫃不論產品包裝、出貨數量、裝船等細節安排均與過去熟悉的貨櫃運輸不同，大大考驗團隊的應變能力。除此之外，從中國大陸運至歐洲的貨物也調整以中歐班列貨櫃鐵路取代部分貨櫃海運之模式。出口到美國的貨物，運用子公司美國APG Polytech的鐵路運輸系統，協助安排從港口出貨至客戶，確保客戶不會因為斷料而導致生產中斷，成功化解塞港危機。